在第一种代孕方式下，从遗传的角度来看，夫妻双方提供受精卵，所代孕出生的子女与夫妻双方有遗传学上的关系。夫妻与代孕子女形成父母子女关系，容易理解和接受。但是，对于代孕者与代孕子女之间的关系认定问题，如何认定？如果遵循分娩者为母的原则，则代孕者与代孕子女之间也会形成母子（女）关系。

对于第二种方式而言，男方为生父，但是女方却非生母，所生的子女为非婚生子女。但是，因为代孕子女与夫妻双方共同生活，女方与代孕子女之间可能会形成有抚养关系的类似于继子女的关系。

另外一个问题，代孕者与代孕子女之间的关系如何确定？在司法实践中，对生母的认定根据出生事实遵循分娩者为母原则，生父的认定根据血缘关系而作确定。从这个层面理解，男方与代孕者为代孕子女的生身父母，但是代孕者与男方又不存在合法的婚姻关系，故代孕子女又属于非婚生子女。

还有一种情况，即在代孕者与提供卵子者非同一人时，提供卵子者与代孕子女之间的关系认定问题，也是亟待解决的问题。从遗传学的角度来看，提供卵子者与代孕子女之间存在遗传学上的生物学母亲，但是其也不会对代孕子女进行抚养。

前述种种问题，亟待解决。代孕这种现象会导致基于身份关系而建立起来的社会秩序面临重大挑战，导致基于身份关系形成的法律被重新审视。所以，各国对于这种重大的、复杂的和影响深远的关乎伦理和社会秩序重新认定的事件未予肯定。

同样，夫妻、代孕者以及代孕子女之间的关系问题非常复杂，其关乎伦理、情感、家庭、道德和法律等社会的方方面面，所以，截至目前，我国乃至世界都没有给出明确的、肯定性的法律规定。